水牢秘境的核心打法在于控制BOSS走位与技能衔接。开局后需迅速向左移动两个身位，待BOSS接近时使用天照或万象天引等抓取技能起手，将其击飞后衔接普攻连招。关键点在于将BOSS逼至地图两侧的水面区域，可有效躲避水泡攻击。若被水龙弹锁定，需立即向中间走位规避伤害。水泡具有定身效果，一旦命中会导致BOSS进入回血状态，队友可用秘卷协助脱困。多人模式下建议由队伍中等级最低的玩家担任房主，可降低整体副本难度。
第一波结束后需提前站位至左下角，等待四名分身聚集后集中输出。伤害较高的玩家可保留分身少量血量，待上方泡沫移动至地图中央时再击杀，确保与BOSS战无缝衔接。若战力不足，则需优先击杀分身再转火BOSS。此阶段需注意分身死亡后BOSS出现的时机，默数五秒后直接释放分身技能可抢占先手优势。
最终阶段需以躲避泡泡攻击为优先策略。BOSS从右侧现身时，需保持左右交替攻击节奏，利用技能将BOSS打入水中后立即释放奥义。拾取密卷后需观察BOSS技能前摇，水冲波结束后迅速返回左下角安全区域。若BOSS触发倒地保护，需等待其弹起后再接技能，避免因连招过度导致伤害无效化。佩恩、宇智波鼬等忍者可通过无限连招压制BOSS行动，而止水则能利用凤仙火爪红将BOSS卡在角落持续输出。
秘卷选择上推荐携带燕吹雪或冻雪，前者可增强连招稳定性，后者配合水牢能实现二次控制。实战中需合理分配秘卷使用时机，例如在BOSS浮空阶段释放燕吹雪可延长控制时间。若队伍中有多名玩家，建议分工明确，一人负责打断BOSS技能，其余成员专注输出。水牢秘境的通关效率与团队配合密切相关，频繁沟通技能冷却时间能显著提升容错率。
